It was narrated from 'Aishah that:

When it rained the Messenger of Allah would say: "Allahummaj'alhu Sayyiban nafi`a. (O Allah, make it beneficial rain)."

أَخْبَرَنَا مُحَمَّدُ بْنُ مَنْصُورٍ، قَالَ حَدَّثَنَا سُفْيَانُ، عَنْ مِسْعَرٍ، عَنِ الْمِقْدَامِ بْنِ شُرَيْحٍ، عَنْ أَبِيهِ، عَنْ عَائِشَةَ، أَنَّ رَسُولَ اللَّهِ صلى الله عليه وسلم كَانَ إِذَا أُمْطِرَ قَالَ ‏

‏ اللَّهُمَّ اجْعَلْهُ صَيِّبًا نَافِعًا ‏

‏ ‏.‏