ونشره وروايته أدركت أبا عوانة منيتُه فتوفي في سَلْخِ ذي الحجة سنة ست عشرة وثلاثمائة للهجرة النبوية، في بلدته إسفرايين . وقال عبد الغافر بن إسماعيل: توفي سنة ثلاث عشرة وثلاثمائة . وهذا قولٌ مرجوحٌ لثلاثةِ أمور: الأمر الأول: ذكر الإمام الذهبي أنَّ أبا عوانة أجاز أبا نعيم جميعَ كتبه في وصيةٍ له ولجماعةٍ في شهر رمضان سنة خمس عشرة وثلاثمائة للهجرة . الأمر الثاني: أسند الإمام الذهبي إلى عبد الملك بن الحسن أنه قال: أخبرنا يعقوب بن إسحاق الحافظ سنة ٣١٦ للهِجرة ... . الأمر الثالث: نص كثير من العلماء على أن وفاته كانت سنة ٣١٦ هـ، منهم: ابنه محمد ، وابن أخته الحسن بن محمد الإسفراييني ، والسمعاني ، وابن الصلاح ، وابن خلِّكان ، والذهبي ، وابن كثير ، والسخاوي ، والسيوطي . وصرّح بترجيح هذا القول الإسنويُّ ، والسُّبكيُّ . أنها ما جاء في كتاب مختصر تاريخ دمشق لابن منظور: "وقال حمزة بن يوسف توفي بجرجان سنة ثنتين وتسعين ومائتين" فهو تصحيف، والصواب: "روى بجرجان سنة ثنتين وتسعين ومائتين" والله تعالى أعلم. ودُفِن -رحمةُ الله عليه- بإسفرايينَ على يسارِ الدَّاخلِ من باب مدينة نيسابور .